De nuevo, tras una segunda vuelta espectacular, con once victorias, finalizaron en séptima posición lo que les dio acceso a la fase previa de la Liga Europa de la UEFA 2017-18. El 24 de mayo el Kuko Ziganda se convirtió en nuevo entrenador del conjunto bilbaíno, camiseta de juventus tras la marcha de Ernesto Valverde al FC Barcelona. En Copa cayeron en cuartos de final ante el FC Barcelona tras ponerle en apuros en el partido de vuelta.
